故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
首次与友哈巴赫率领的星十字骑士团交锋后，尸魂界伤亡惨重，黑崎一护在零番队的帮助下前往灵王宫并最终炼出属于自己的斩魄刀“斩月”。与此同时，为了提升实力，其余“死神”也在瀞灵廷进行着自己的修炼，然而第二次交锋很快来袭，为了守护同伴和正义，护廷十三队热血迎战！
本作讲述从小就被诅咒「只要碰触到东西就全都会死亡」的贵族少爷，以及唯一愿意陪伴且不时性骚扰他的女仆爱丽丝，两人虽两情相悦却不能触碰彼此的恋爱故事。
